股份代持协议一般存在以下法律风险
1.股份代持协议效力纠纷
如果股份代持协议的内容没有违反国家法律的规定，主要是没有以合法形式掩盖非法目的的、没有恶意串通损害他人利益等情形的，一般股份代持协议是合法的。但是，这种合法也仅限于签订协议的双方之间，对第三人没有约束力。
另外，根据中国法律规定，中国有些产业限制外国投资者（包括港、澳、台投资者）投资或者禁止外国投资者投资。如果外国投资者规避中国法律规定，通过股权代持方式进入相关行业，根据最高人民法院的相关司法解释，此时实际出资者和名义股东之间的股份代持协议会因违反中国法律规定而被认定为无效。
2.股份代持协议实际出资人不进行工商登记存在的法律风险
登记在工商管理部门的股东是接受委托的持股代理人，并不是实际的出资人，但是，对外而言，股东资格的确认依据的是股东出资证明书和工商登记，股份代持协议实际出资人虽然出资但是自己的名字并不显示在工商登记资料上，就容易存在以下法律风险：
（1）股东的身份不被认可。由于股份代持协议实际出资人的姓名并不记载于工商登记资料上，那么在法律上股份代持协议实际出资人的股东地位是不被认可的，股东的表决权、分红权、增资优先权、剩余财产分配权等一系列的权利都需要由代持股人行使，必然导致风险的存在。同时代持股人转让股份、质押股份的行为，股份代持协议实际出资人都很难控制。
（2）代持股人恶意损害实际股东的利益。包括代持股人滥用经营管理权、表决权、分红权、增资优先权、剩余财产分配权等权利给股份代持协议实际出资人造成的财产损失。
（3）由于代持股人自身原因导致诉讼而被法院冻结保全或者执行名下的代持股权。当代持股人出现其他不能偿还的债务时，法院和其他有权机关可以依法查封上述股权，并将代持股权用于偿还代持股人的债务。股份代持协议实际出资人如果未能及时阻止，只有依据股份代持协议向代持股人主张赔偿责任。
（4）代持股人意外死亡引发继承或离婚纠纷等。如果代持股人意外死亡，则其名下的股权作为财产将有可能涉及继承或离婚分割的法律纠纷。股份代持协议实际出资人不得不卷入相关纠纷案件中，才能维护自己的财产权。
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