1、小规模税点低；一般纳税人税点高，但可以做进项税抵扣。
2、小规模做账简单；一般纳税人做账比较繁琐。
3、小规模不能开增值税专票，如果需要专票，只能税局代开；一般纳税人可以开增值税专票和普票。
4、使用发票不同。小规模纳税人销售只能使用普通发票，不能使用增值税专用发票，购买货物与一般纳税人相同，可以收普通发票也能收增值税专用发票，二者收取增值税专用发票后帐务处理不同。
5、应交税金的计算方法不同。一般纳税人按“抵扣制”计算税金，即按销项减进项后的余额交税。小规模纳税人按销售收入除以（1+适用税率）后的金额再乘税率计算应交税金，工业6％，商业4％。
6、税率不同，一般纳税人分为0税率、13%税率、17%税率。小规模纳税人，商业企业按4%；工业企业按6% ，（免税的除外）。
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